Kaoru Hana wa Rin to Saku – Akademi Swasta Kikyo yang khusus perempuan dan SMA Negeri Chidori adalah dua dunia yang bertolak belakang. Dengan sejarah panjang dan bergengsi, Kikyo dihuni para gadis bangsawan dari keluarga terpandang, sementara Chidori dikenal sebagai sekolah yang dipenuhi para berandalan berpikiran sederhana. Tak heran jika perbedaan mencolok ini kerap memicu benturan di antara para siswanya.
Bertubuh tinggi besar dengan raut wajah garang, Rintarou Tsumugi—siswa Chidori—sering dijauhi orang lain meski sebenarnya berhati lembut. Suatu hari, saat membantu di toko kue milik keluarganya, ia bertemu dengan seorang pelanggan yang seketika kabur setelah berpapasan dengannya. Keesokan harinya, pelanggan itu kembali untuk meminta maaf dan memperkenalkan diri sebagai Kaoruko Waguri yang ceria.
Seiring waktu yang mereka habiskan bersama, Rintarou menyadari bahwa Kaoruko tidak menilainya dari penampilan semata, membuatnya menantikan pertemuan-pertemuan berikutnya. Namun, ketika Rintarou mengetahui bahwa Kaoruko bersekolah di Kikyo, hubungan mereka pun diuji oleh ekspektasi sosial dan dinamika lingkungan di sekitar mereka.
