Onmyou Kaiten Re:Birth – Remaja bermasalah bernama Takeru Narihira terus-menerus dihantui mimpi berulang, di mana ia dikejar oleh monster hingga akhirnya selalu diselamatkan oleh seorang gadis misterius. Tanpa sadar, Takeru jatuh cinta padanya dan pada pertemuan mereka yang ke-1.999, ia berjanji bahwa pada kesempatan berikutnya dialah yang akan menyelamatkan sang gadis. Namun, sebuah kecelakaan motor justru membawa Takeru ke Denji Heian-kyo—versi alternatif ibu kota kuno Jepang yang dipadukan dengan teknologi futuristik, sekaligus tempat tinggal gadis dari mimpinya, Tsukiyima, yang sama sekali tidak mengenalinya.
Tak lama kemudian, kabut hitam menyelimuti kota, membatu para warga dan melepaskan monster yang dikenal sebagai oni. Hanya para onmyouji—penyihir yang menggunakan kekuatan mistis dan mengendalikan zirah magis bernama “shikigami”—yang mampu melawan ancaman tersebut. Saat kabut itu kembali muncul, Takeru menyadari bahwa dirinya memiliki kekuatan transformasi aneh dan mampu menahan serangan oni. Namun, ia dan Tsukimiya akhirnya tewas. Takeru pun terbangun kembali di Denji Heian-kyo, kali ini dua minggu sebelum kemunculan kabut hitam. Bersumpah untuk melindungi Tsukimiya dengan segala cara, Takeru bertekad menjadi seorang onmyouji dan mengubah masa depan.
