Hidup di daerah kumuh dari sebuah kota kaya, Rudo dan ayah angkatnya, Regto, berusaha bertahan di tengah ketimpangan sosial yang mencolok. Namun, Rudo menyimpan kebencian mendalam terhadap gaya hidup boros para bangsawan. Mengabaikan peringatan dari orang-orang di sekitarnya, Rudo kerap mengais tumpukan sampah kota demi mencari barang-barang berguna yang bisa diselamatkan dari “Kehampaan”—lubang raksasa tempat segala yang dianggap sampah dibuang, termasuk manusia. Ayah kandung Rudo sendiri pernah menjadi korban, dilempar ke dalam Kehampaan setelah dituduh melakukan pembunuhan.
Suatu hari, sepulang dari pertemuannya dengan sosok misterius, Rudo menemukan Regto tergeletak sekarat di lantai. Tanpa sempat menjelaskan apa pun, ia langsung ditangkap oleh pihak berwenang yang menemukannya di lokasi kejadian. Tuduhan pembunuhan segera dijatuhkan, dan tak ada seorang pun yang percaya akan pengakuan Rudo. Ia pun dijatuhi nasib yang sama seperti ayahnya—dilempar ke dalam Kehampaan.
Namun, alih-alih mati, Rudo justru terbangun di tempat aneh yang dipenuhi bau busuk dan monster-monster mengerikan yang terbuat dari sampah. Saat nyawanya hampir melayang, ia diselamatkan oleh seorang pria bernama Enjin, yang memperkenalkan dirinya sebagai seorang "Cleaner"—pejuang yang menggunakan senjata khusus bernama Vital Instruments untuk melawan makhluk-makhluk kotor tersebut.
Demi membalas kematian Regto dan menemukan jalan keluar dari Kehampaan, Rudo pun memutuskan untuk menjadi seorang Cleaner, meski berat hati. Perjalanannya pun dimulai—perjalanan melawan monster, melawan takdir, dan mencari kebenaran di antara tumpukan sampah dan kebohongan.