Pada akhir abad ke-19, ketika zaman kelam Bakumatsu akhirnya berakhir, Jepang memasuki era baru yang dikenal sebagai era Meiji—masa restorasi dan harapan baru bagi bangsa. Bersamaan dengan meredanya peperangan, sosok legendaris Hitokiri Battousai menghilang tanpa jejak, meninggalkan hanya nama dan ketakutan yang membekas dalam ingatan rakyat.
Bertahun-tahun kemudian, seorang pengembara sederhana bernama Kenshin Himura tiba di Tokyo dan bertemu dengan Kaoru Kamiya, pemilik sebuah dojo kecil yang sedang berada di ambang kehancuran. Kaoru tengah mengejar seorang pria yang mengaku sebagai Battousai dan melakukan pembunuhan brutal terhadap warga sipil serta aparat kepolisian. Lebih menyakitkan lagi, pria itu mengaku menggunakan aliran pedang Kamiya Kasshin-ryu—sebuah teknik yang diciptakan oleh ayah Kaoru, berakar pada prinsip melindungi kehidupan, bukan menghilangkannya.
Tersentuh oleh semangat Kaoru, Kenshin memutuskan untuk membantunya menangkap sang peniru dan memulihkan kehormatan dojo keluarganya. Namun, Kaoru tak menyadari bahwa Kenshin sebenarnya adalah Battousai yang asli—pembunuh legendaris yang kini berusaha menebus dosanya dengan bersumpah untuk tidak membunuh lagi dan melindungi mereka yang lemah.
Seiring waktu, Kaoru mengetahui kebenaran tentang masa lalu Kenshin. Meski begitu, tekad Kenshin untuk menebus dosa dengan cara damai menyentuh hatinya. Ia pun mengizinkan Kenshin tinggal di dojonya. Namun, jalan menuju penebusan tidaklah mudah. Masa lalu yang kelam dan musuh-musuh yang muncul di masa kini terus menguji prinsip dan janji yang dipegang teguh oleh sang samurai pengembara.
